Υπάρχουν δύο εκδοχές για την παραπάνω ονομασία της Παναγίας. Σύμφωνα με την πρώτη που συνάδει προς τη λαϊκή παράδοση, ένας Σαρακινός που πέρασε κάποτε από τον Ναό τόξευσε την Παναγία στο δεξί της γόνατο κι αμέσως από την πληγή έτρεξε ζεστό αίμα ή έριξε ένα μαχαίρι πάνω στη Παναγία που βρισκόταν από έξω, πάνω στον τοίχο της εκκλησίας κι ευθύς έτρεξε αίμα. Μόλις όμως το μαχαίρι κτύπησε την εικόνα, αυτό γύρισε πίσω και καρφώθηκε στο χέρι του αλλόθρησκου, ο οποίος έσπευσε να πλύνει την πληγή σε μια πηγή. Κατόπιν προσπάθησε να καταφύγει στο γειτονικό χωριό, φωνάζοντας συνεχώς " καν, καν" που σημαίνει " αίματα, αίματα " στα Τουρκικά. Έτσι η Παναγία ονομάστηκε Κανακαριά, όμως ο Σαρακινός ξεψύχησε στο δρόμο, υποφέροντας από τους πόνους.
Η εκκλησία της Παναγίας είναι τρίκλιτη βασιλική με τρούλο και με νάρθηκα τρουλοτό, που χρονολογείται στην εποχή των εικονομάχων. Το μεσαίο κλίτος καταλήγει σε αψίδα ημικυκλική. Η εκκλησία κτίστηκε στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, από την οποία σώζεται η αψίδα ενσωματωμένη στο Ναό.
Ο πρώτος μικρός Ναός της Παναγίας καταστράφηκε γύρω στον 7 ο αιώνα είτε από σεισμό, είτε από πυρκαγιά και την ίδια εποχή κτίστηκε νέος ναός , μεγαλύτερος- τρίκλιτος - με πολλά κελιά γύρω και λειτούργησε ως μοναστήρι.
Ο Ναός υπέστη πολλές αλλαγές το 12ο και το 13o αιώνα. Το 12ο αιώνα κτίστηκαν οι τοίχοι και οι αψίδες στα πλάγια κλίτη που καλύφθηκαν με καμάρες, ενώ το μεσαίο κλίτος καλύφθηκε με τρούλο, όπου τότε κτίστηκε και ο νάρθηκας. Το 13ο αιώνα ξανακτίστηκε η αψίδα και η κάμαρα του νοτίου κλίτους και τα προπύλαια στην πλευρά αυτή. Το 15ο ή 16ο αιώνα επισκευάστηκε ο τρούλος ο οποίος δέχτηκε επισκευές και στους επόμενους αιώνες.
Ένα μυστικόπαθο αχνόφωτο τυλίγει στη διάφανη αχλή του το εσωτερικό της εκκλησίας όπου ξεχωρίζουν λίγες ξεφτισμένες τοιχογραφίες του Ιζ αιώνα μαζί με υπολείμματα από μαρμάρινες κολόνες και κιονόκρανα κορινθιακού ρυθμού εντοιχισμένα στον δυτικό νάρθηκα. Απ΄αυτές τις περίφημες άλλοτε νωπογραφίες λίγα ίχνη σώζονται από τη Γέννηση του Χριστού, όπου βλέπουμε την Παναγία γερμένη στο σπήλαιο ύστερα απ΄τον τοκετό, με το θεϊκό της βρέφος, φασκιωμένο μέσα στο λίκνο του, να το φωτίζει το άστρο της Βηθλεέμ, ενώ δύο μάγοι, καβάλα σε άσπρα άλογα, παραστέκουν εκεί κοντά.
Θαυμαστές ακόμη θα ήταν - καθώς διαφαίνεται μέσα απ΄τα ξεφτίδια του τοίχου - οι τοιχογραφίες στον μικρό τρούλλο του Ιερού.Όμως αυτό που θεωρείται σαν το πολυτιμότερο στολίδι μέσα στο χαριτωμένο τούτο παιλαιοβυζαντινό μνημείο είναι το εξαίσιο μωσαϊκό στην αψίδα του Ιερού με την Πλατυτέρα σε τύπο «Ένθρονου Οδηγητρίας». Η Παναγία κρατεί τον μικρόν Ιησού λευκοφορεμένον στην αγκαλιά της, έχοντας τους δύο αρχαγγέλους Μιχαήλ και Γαβριήλ δεξιά και αριστερά, δυστυχώς σκεπασμένους, όπως και ένα μέρος της Παναγίας, από πλατιές επιφάνειες ασβεστοκονίαμα, γιατί το περισσότερο μέρος του εξαίσιου αυτού σε χρυσοποίκιλτες αποχρώσεις μωσαϊκού, με την κεντρική του σύνθεση και τα διακοσμητικά κυκλικά «σταθάρια» (médaillons) που πλαισιώνουν τις προτομές των Δώδεκα Αποστόλων στη μεγάλη του αψίδα, είναι μισοκαταστραμμένο.
Αυτά μέχρι το 1979 όταν η εκκλησία της Παναγίας της Κανακαριάς λεηλατήθηκε ολοσχερώς από τους Τούρκους . Αφαιρέθηκε ή καταστράφηκε τελείως το ψηφιδωτό του τεταρτοσφαιρίου της αψίδας του Ναού που χρονολογείται από την εποχή του Ιουστινιανού, γύρω στο 335
Η Αρχαιολογική Υπηρεσία Κύπρου έστειλε κάποιον ξένο για να διαπιστώσει το μέγεθος της καταστροφής. Η αψίδα ήταν γυμνή. Οι Τούρκοι αρχαιοκάπηλοι κατακτητές πούλησαν το ψηφιδωτό της Παναγίας που αφαίρεσαν στο εξωτερικό, ενώ κατά την αφαίρεση καταστράφηκαν κάποια τμήματά του. Το 1989 το δικαστήριο την Ηνωμένων Πολιτειών αποφάσισε την επιστροφή των ψηφιδωτών στο νόμιμο ιδιοκτήτη τους, την Εκκλησία της Κύπρου, χαρακτηρίζοντας τα ψηφιδωτά ως κλεμμένη ιδιοκτησία, άρα σ΄αυτά δεν αποκτά τίτλο ιδιοκτησίας ο κλέφτης. με ωραίο τρόπο καταπολεμήθηκε η απληστία του βάρβαρου κατακτητή και η ασέβεια του προς την πολιτιστική μας κληρονομιά.
