Επίσης, με ενέργειες του Μητροπολίτη Δράμας Χρυσοστόμου κτίσθηκαν τα Εκπαιδευτήρια Δράμας το 1907. Το κτίριο θεμελιώθηκε το 1907 και οι εργασίες περατώθηκαν το 1909, κατά τη δεύτερη περίοδο αρχιερατείας του Χρυσοστόμου στη Δράμα, έπειτα από πολλές διακοπές και παρεμβάσεις από την οθωμανική διοίκηση. Η δαπάνη ανέγερσης καλύφθηκε από την οικογένεια Μελά, από προαιρετικές εισφορές των κατοίκων της Δράμας, αλλά και από ενοίκια της ακίνητης περιουσίας της μητρόπολης Δράμας, ενώ στην ανέγερση βοήθησαν τεχνίτες της περιοχής. Στο κτίριο, με σχήμα κάτοψης Π με σαφή αναφορά στη λέξη Πατρίδα, στεγαζόταν παρθεναγωγείο και αρρεναγωγείο.
Ταυτόχρονα ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος πραγματοποιούσε περιοδείες στις ελληνικές κοινότητες που δέχονταν τη βουλγαρική πίεση και προπαγάνδα, όπως η Προσοτσάνη και ο Βώλακας. Οι Βούλγαροι επιχειρούσαν συστηματικά με απειλές, βιαιότητες και δολοφονίες να εξαναγκάσουν τους Έλληνες να προσχωρήσουν στη βουλγαρική Εξαρχία. Και αυτό γιατί η Εκκλησιαστική ενσωμάτωση των κατοίκων μιας περιοχής ήταν ο πρόδρομος της εδαφικής προσάρτησής της, όταν αργότερα θα διαλυόταν η Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Κατά την περίοδο της αρχιερατείας του αντιμετώπισε τις τρομοκρατικές ενέργειες του βουλγαρικού κομιτάτου καθώς και την τότε ρουμανική προπαγάνδα και ανέπτυξε έξοχη εθνική δράση, συγκρατώντας τους πεπλανημένους, ενθουσιάζοντας τους λιγόψυχους και αναλαμβάνοντας ο ίδιος τη διεύθυνση του Αγώνα κατά των Βουλγάρων κομιτατζίδων.
























